因为这是我们的归属“Kivotos”是一座由数千所学校组成的巨大学术城市。在这里，持枪学生之间争吵的景象每天都可见。其中，被沙土覆盖的阿拜多斯高中面临关闭的危险。“对策委员会”的五名学生努力摆脱困境。故事从主角遇见名为“老师”的成年人开始。
突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
甚至连小差错也要酷酷地去做的惹人爱的男孩子们。虽然是很Cool、让人感觉有些难以接近，却又非常帅气的男孩子们。但是他们……全员都是冒失鬼！正是因为冒失，所以感觉没有距离感。正是因为冒失所以才可爱。
白虎与黑兽——中岛敦与芥川龙之介并肩作战，在与弗朗西斯·F的决战中得胜，与自大国袭来的“组合（Guild）”之间的巨大异能战争宣告结束。“武装侦探社”与“港口黑手党”在此战中缔结的休战协定仍在继续，而从他们引发的毁灭危机中幸存下来的横滨，今天也在路边上演名为日常的物语。但海外犯罪组织流入的传言，以及“组合（Guild）”残党的影子仍在此地若隐若现……。另一方面，太宰治对于“魔人”觉醒、新的灾厄开始感到担忧。在暗渠中蠢蠢欲动的，是盗贼团“死屋之鼠”的头目，费奥多尔·D。其令人恐惧的谋略，终于露出獠牙！
