突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
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灰回航一是个有过英雄梦，现在却已放弃的平凡大学生。然而这样的他，却暗地里穿着扮成欧尔麦特的服装，假装自己是职业英雄热心助人并乐此不疲。
过着一天天平凡日子的航一，有天却遇上了未经许可在街头办演唱会的自称偶像·POP☆STEP与自称“专门清理垃圾的‘清道夫’”的神秘面具男·手指虎，并卷进了“义警团”的行动之中。
以非法方式拯救人们的他们，是扰辞秩序的犯罪者，又或者是正义的自警团。
非法英雄“义警团”的故事就此展开。
