15世纪的欧洲某国。在跳级中被允许进入大学的神童拉法尔。他回应了周围的期待，宣布将专攻当时最重要的神学。但是，从以前开始就热心投入的对天文的热情一直没有被抛弃。
舞台是浅草。初中二年级的矢逆一稀、久慈悠、阵内燕太三人，某天遇到了神秘的河童型生命体“Keppi”，并被强行夺走了尻子玉而变成了河童。“想要变回原状的话，就通过‘某个方法’产生联系，并把僵尸的尻子玉拿来吧”。Keppi如此告知三人。究竟少年们能否相互产生联系，并夺取僵尸的尻子玉呢？！与此同时，新星玲央和阿久津真武执勤的派出所，似乎也发生了什么。
小智（松本莉香 配音）来自真新镇，他的目标是要成为神奇宝贝顶级训练师。在即将展开训练师旅程的一天，因为迟到，他并没有拿到初始的小精灵。大木博士（石冢运昇 配音）见状，便送了一只不愿进精灵球和非常调皮的皮卡丘给这位失落的年轻人。于是，他们俩便踏上了精灵宝可梦的旅程。
逢泽夏海（寿美菜子 配音）是正在读中学2年级的运动型少女，在居住的城市中，夏海有三个十分要好的朋友。作为网球搭档的，运动和学习都很优秀的水越纱季（高桓彩阳 配音），个性活泼可爱的旅馆家女儿花木优香（户松遥 配音）以及身材娇小个性沉默，对音乐有着狂热爱好的环凛子（丰崎爱生 配音）。在静冈县下田市这个宁静的小城市中，交织着四个少女小小的喜怒哀乐，她们一同上学，一同回家，一同分享各自幼稚的秘密。同样的，当嫌隙发生的时候，唯有坚实的友情能将四人维系在一起。这个夏天，这样的海边，少女们能够用相互的羁绊共同创造属于他们的奇迹吗？
