继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
打造一个所有人都能读到书的世界成为神殿的青衣见习巫女的梅茵，和路兹、多莉以及孤儿院的孩子们一起制作了儿童用的圣典绘本。对书本的热情有增无减的梅茵，赋予了约翰与海蒂"古腾堡"的封号后，向下一个目标"活版印刷"迈进。然而，梅茵的前方却是一片乌云笼罩。察觉到拥有强大魔力与奇异知识的梅茵具有利用价值的贵族、以及对梅茵怀恨在心的贵族，暗中盯上了梅茵。
1890年，一场世纪大赛“SBR”于美国举开。全长共6000公里，是人类史上第一场骑乘马匹横越北美大陆的比赛！为了拿下高达5千万美元（60亿日元）的冠军奖金，一群强悍的冒险家们正式展开了他们的争战！
青年·下吕担任家业延续数百年的杀手『用毒人』。从事见不得光的工作，又不擅长跟女性交流，他认为自己不该结婚。然而，为了延续『用毒人』的血统，老家宣布将强制要求他的妹妹生下接班人。此时，下吕遇见了原本是工作目标的婚姻骗子‧城崎…？「那样的提案〈求婚〉，还是头一遭。」把婚姻骗子当成提供建议的人，展开了杀手的婚姻活动！
