继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
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在东京晴空塔底下，世界一流的武术爱好者德川光成设置了一个研究实验室，进行禁忌实验。实验使用最先进的科学技术，目标是用传奇剑豪宫本武藏的遗骸创造出克隆人，让他在现世复活。这位强大战士早已赢得所有想像得到的称号与荣誉：究极武士、剑圣、天下无双。如今，他的重生恐怕将撼动现代日本，甚至全世界都会陷入混乱。准备好见证超越历史的终极大战，刃牙、勇次郎、地下斗技场的高手们，以及所有为战斗而生的人都将卷入其中。
青年·下吕担任家业延续数百年的杀手『用毒人』。从事见不得光的工作，又不擅长跟女性交流，他认为自己不该结婚。然而，为了延续『用毒人』的血统，老家宣布将强制要求他的妹妹生下接班人。此时，下吕遇见了原本是工作目标的婚姻骗子‧城崎…？「那样的提案〈求婚〉，还是头一遭。」把婚姻骗子当成提供建议的人，展开了杀手的婚姻活动！
操纵异形之力的吸血鬼侦探阿尔涅·尼塔特。 热爱吸血鬼的名门贵族千金琳·莱茵维斯。 本应生活在永无交错的世界中的二人，为解开被血染的谜题而联手。 被黑夜笼罩的穷途末路之际，琳迷失在异形者居住的迷之街道·吕根贝尔格。 在那里与被称作“最强”吸血鬼阿尔涅的相遇，使少女所生活的世界发生了翻天覆覆地的变化。 诡谲怪诞的事件簿，开幕——
