平成元年四月，辽西中学学生日高一平与对手（同时也是其好友）黑木凯争夺日本武道大赛冠军。比赛正进行到白热化之时，二人被一阵白光包围，同时消失。
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堀江青（和气杏未 配音）表面看来是一位非常平凡而且害羞的女子高中生，实际上，她的父亲是大名鼎鼎的官能小说家，这让青感到非常的自卑，并且常常陷入困扰之中。青最大的愿望，就是能够摆脱父亲的存在，开始独自一人的生活，为此，她非常努力的用工念书，希望能够考上理想的大学。
小智（松本莉香 配音）来自真新镇，他的目标是要成为神奇宝贝顶级训练师。在即将展开训练师旅程的一天，因为迟到，他并没有拿到初始的小精灵。大木博士（石冢运昇 配音）见状，便送了一只不愿进精灵球和非常调皮的皮卡丘给这位失落的年轻人。于是，他们俩便踏上了精灵宝可梦的旅程。
“这是预言哦。你们五人，终会迎来重大的危机。那时，能够保护大家的人是你”小时候曾遭到绑架的高中2年级生·堂岛大介，与儿时的好友剀、露、玛丽玛丽、庆作一起，被卷入了不可思议的现象——“涩谷漂流”。涩谷的中心部跳跃到了300多年以后的“未来”。等在那里的是广袤无边的荒野与森林、散布各处的废墟……以及未来人“revisions”和他们所操纵的巨大机械怪物。
吉川春生（市来光弘 配音）是一名平凡的男子中学生，和自己的三个妹妹过着相依为命的生活。吉川舞夏（中原麻衣 配音）十分贤惠，擅长料理家中上下的各种事务，对春生有着强烈的占有欲。吉川千秋（酒井香奈子 配音）的运动神经异常发达，是一个活泼开朗的女孩。吉川冬乃（金田朋子 配音）视金钱如命，将家族的利益摆在第一位。兄妹四人虽然平日里吵吵闹闹的，但彼此之间的羁绊十分深厚。 某日，春生的学校里来了一位名叫魔宫步（野川樱 配音）的转校生，在误打误撞之中，步竟然住进了春生家，成为了家中的女仆担当。实际上，步是一名魔女，她接近春生有着她自己的算盘。
