故事的主人公黑铁一辉虽有着成为能将灵魂转化为魔剑的“魔导骑士”的目标，但由于自身没有魔法方面的才能而被他人戏称为“落第骑士”。不过，在与来自异国的公主——有名且最强的“A级骑士”史黛菈・法米利昂相遇后，一辉的学院生活发生了改变。
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……。
