故事发生在一座位于孤岛之上的学校里，在这里学习的，都是身怀绝技的超能力者。这些孩子们被告知，在不久后的将来，即将发生灾厄，为了能够应对来袭的“人类之敌”，他们必须在这与世隔绝的孤岛上接受生存训练。
与目前正在播出的TV动画版「暗杀教室 第二期」联动的「暗杀教室 第二期 课外授课篇」将于3月11日起在dTV独占配信。这次动画化的是在TV版中并没有出现的「竹林的一课」和「支配者的一课 第2节课」等。「课外授课篇」共4话，一话约5分钟 ，后追加4话，共计8话。
在宝岛的激战结束后，千空等人平安回到了科学王国。他们用得到的石化装置，成功复活了陷入冷冻睡眠的司，司成为了科学王国的同伴！ 而在确定将人类石化的幕后黑手“怀曼”就在月球的千空等人，准备奔向月球！在这个石纪元，提出了从零制造宇宙飞船的宏伟工程。为了从全世界收集飞船的材料，千空等人迅速乘上珀耳修斯号驶向大海。要制造复活液，他们需要大量的玉米，于是第一个目的地就被设为了美洲大陆。而在结束了考验勇气、团结以及科学力量的大航海后，等待着的，是能动摇他们的威胁—— 千空等人的冒险，终于开始迈向世界，甚至迈向太空。为了拯救人类的未来，千空和同伴们一起，全力开拓科学的道路！
故事发生在椚丘中学三年E班，表面上，这是一个普通的班级，然而实际上，这里聚集着的均是技艺高超冷酷无情的杀手。每一年，他们通过特殊渠道接收着来自世界各地的暗杀任务，替各国首脑“排忧解难”，而这一次，他们有了一个统一的目标——刺杀班主任杀老师（福山润 配音）。 杀老师是一个神奇的存在，它的外表并非人类，却有着及其敏感的神经和及其迅速的反应力，没有人知道它从哪里来，也没有人知道，它为何会变成三年E班的班主任。因为想要毁灭地球，杀老师成为了暗杀名单上的高价悬赏人物，而作为三年E班的学生，只要成功消灭杀老师，即可毕业。就这样，围绕着这位神秘的老师，充满了危险的日常就此展开。
为求仙药线索，一行人抵达统治岛屿的怪物"天仙"之居城。 欲从岛屿生还，死囚与处刑人已不得不携手合作。 与此同时，幕府以"山田浅卫门殊现"为首，下令增派人员登陆神仙乡。 其中竟可见与画眉丸素有渊源的石隐众之身影。 正当画眉丸等人欲尽快寻得仙药逃离孤岛之际，天仙们却拦住了他们的去路—— 围绕仙药的争夺，即将迎来"人类"与"天仙"的全面对决——！！
