战国时代和幕府时代曾经盛极一时的日本忍者，因为战败而强迫解散组织，似乎从历史中消失。然而事实上，多达20万人的忍者至今依旧暗中存在，秘密监视着过敏。貌不惊人的云隐九郎（坂泰斗 配音）每天半死不活待在家里，看起来就是一个纯纯的废柴，其实他是一个身怀绝技的忍者。某天，冒充成快递员的上级找上门来，派他前往某高中与死对头的忍者部队作战。沉寂太久的云隐总算被组织唤醒了，但是这个任务并不是结束，反而是一系列大事件的开始……本片改编自花泽健吾创作的同名漫画作品
小桃与厄卡伦踏入神秘温泉小镇，极具威胁的敌人即将现身……
对于班级里的同学来说，橘梅（茅野爱衣 配音）是个怪人，个性阴沉不说，独来独往的作风也让人无法忍受。而对于橘梅来说，曾经被背叛的经历让她对每一个接近自己身边的人充满着防御和戒备。这样的高中生活，可能就要在嘲笑和欺负中惨淡度过了。一次意外中，橘梅居然踢伤了在学校有超高人气的帅哥黑泽大和（樱井孝宏 配音），令本以为要挨揍的橘梅意外的是，黑泽居然笑着提出了成为朋友的请求。
岩仓玲音的同学四方田千砂自杀了。没有任何前兆的自杀事件让同学们不知所措，一周后，玲音收到了千砂的短信。明明已死的千砂居然以手机短信和玲音开始了交流。回到家，玲音用爸爸给她的电脑开始与千砂联系。当谈及为何自杀时，千砂回答说“因为我已经不需要身体了，没有身体，我可以在wired网络之间继续活着。”不解的玲音继续调查千砂的事件，发现wired网络之中隐藏的巨大秘密，玲音自己的身世也出现了谜团。玲音面对网络世界中的真相，耳边不断响起千砂的话“我生存在wired中，因为神在那里。
