佐久千岁就读于县内顶尖的预科学校——藤志高中。凭借着优异的学业、体育和沟通能力，佐久无论好坏都备受瞩目，身边还有一群人人羡慕的魅力四射的朋友。二年级的春天，佐久转入了一个新班级。他被委托帮助一位隐居的学生改过自新。这是一个感人的成长故事，故事背景设定在绿意盎然、光彩夺目的福井！
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
在防卫队长官·四之宫功的判断下，日比野卡夫卡逃过了被做成武器的命运，但依然处于被关押状态。在第三部队的新人们接到调动命令，纷纷赶赴各自要去往的新部队时，率领第一部队的最强者·鸣海弦出现在了卡夫卡面前。 鸣海表示不需要作为队员的卡夫卡，为了让他认可自己，卡夫卡必须直面“怪兽8号”那过于强大的力量。但与此同时，“怪兽9号”的威胁也在暗中逼近…
