《康熙微服私访记5》沿袭该剧前四部借古讽今、针贬时弊的新派古装轻喜剧作品风格，演绎康熙微服私访中扑朔迷离、惊心动魄的传奇故事。不同的是，此次原班人马大换血，康熙由尊龙扮演，宜妃则换成性感美女温碧霞。本剧集分为“铸钱记”、“神童记”和“火箭记”三个单元故事组成。
该剧通过一系列单元剧讲述刑侦故事
在未来，全球成立了一个处理各类超常规、突发情况的超常规事件处置中（Supernormal event Processing,简称SEP），某天处置中心收到一组来自某山洞模糊的神秘广播信号，处置中心决定派第9特遣小队调查此事。穿越山洞之后，特遣队竟然来到了一个名为桃花源的古镇，在这里他们发现所有的生命都死去了，而小镇里出现了另一队和自己一模一样的特遣队员...
春秋时期，晋、楚、秦等诸侯大国争霸，天下大乱。晋景公元年，晋楚一场大战，改变了普通医生程婴（吴秀波 饰）以及无数人的命运。权倾一时、野心勃勃的晋国太尉屠岸贾（孙淳 饰）连出奸计陷害大夫赵朔（姬他 饰），虽有勇敢机敏的程婴从中化解，但终究无法避免赵家惨遭灭门厄运。在此危难时节，义薄云天的程婴冒险救出赵家的最后一根血脉——赵武。围绕这条柔嫩的小生命，无数义士以及无辜之人洒下热血。程婴以亲生骨肉之名偷梁换柱，由此取信屠岸贾，却也被赵氏孤儿的生母庄姬（应采儿 饰）以及不明真相之人的憎恨。 更名大业的赵孤一天天长大，而忍辱负重蛰伏在屠岸贾身边的程婴，也即将迎来为赵朔复仇的重要时刻……
故事发生在抗日战争前夕，以算命和乞讨为生的青年海猫有着极其凄惨的身世。他的父母是虎头湾吴、赵两大家族的人，然而两家因“斗秧歌”世代结仇，互不通婚，敢有私通者所生子女定沉大海。当年父母为了救他而牺牲自己，海猫则因缘际会活了下来。在闯荡江湖途中，他再度现身虎头湾，引发了沉寂已久的混乱，同时又与吴若云和赵香月两个女孩结下深深的因缘。在时代浪潮的推动下，海猫经共产党员王天凯介绍加入革命队伍。这个站在时代前沿的男人，最终感化赵吴两家，并与海盗黑鲨义结金兰，共同对抗日本侵略者。 这是一个不屈民族的抗争传奇……
草根出身的投资人方玉斌凭借过人的专业能力和信誉在金融行业中拼搏奋进着，年纪轻轻的他已经是荣鼎资本上海分部投资副总监。他在一次收购项目中认识了金融界知名的女总裁苏晋，并和苏晋渐生好感。荣鼎资本的主要投资对象金盛集团突然股价大跌，荣鼎护盘金盛失败，董事长丁一夫遭到高层等人弹劾，他们利诱方玉斌倒戈，遭到方玉斌严词拒绝。方玉斌坚守原则，却因此跌入了事业的低谷，苏晋不断给予方玉斌信心和帮助，让方玉斌重新振作了起来。这时，丁一夫决定卖掉金盛集团，由方玉斌全权负责此事，方玉斌明白，他必须堂堂正正地打赢这一仗，才能走出低谷。在卖金盛的过程中，方玉斌受到多方阻挠，但在苏晋的陪伴下，他不改初心，不踏底线，不被任何人左右，最终将金盛全部卖出。方玉斌出任荣鼎上海公司总经理，成为当之无愧的金牌投资人。
中国警方在得到线报，获得以九子龙为首的国际制毒贩毒集团在大陆开辟的黄金通道——云南经广州，深圳至香港，进行全方位清理。贩毒集团的首领九子龙也被抓获，但经审查，被抓的人并不是九子龙！九子龙已经逃脱了法网，在此情况下，公安部缉毒局召回内线侦察员 “火狐”命令他继续留在香港，查清九子龙的下落。 九子龙在遭受打击之后，并没有潜藏起来，而是开辟了新的贩毒通道，把位于东海沿海的龙海市作为跳板，市公安局缉毒大队长王小波是闻名的缉毒英雄。他在获取毒团伙将在珍珠岛渡假村进行毒品交易的情报后，率领缉毒警包围了渡假村。但现场情况却出乎他的意料，毒枭麻三和几个日本买主全部昏倒在餐桌旁。王小波擒获了贩毒人员并缴获冰毒三千克，五百万美金毒资不翼而飞……… 为九子龙顶罪而入狱的曹东方因刑出狱而得到九子龙的重用，九子龙的干女儿阿丽和男友号称亚洲第一制毒手阿西在接曹东方出狱时遇上黑道...
