《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
在一次偶然的机会下，暖萌可爱的僵小鱼跟随鱼爹一起进入大学校园。对大学校园充满了好奇的小鱼趁鱼爹不注意偷偷溜走，却因此不幸和鱼爹走散……就在小鱼苦苦寻爹未果，以为自己又要变成一个无家可归的小可怜时，阴差阳错被大二女生田小去发现。暖心的小去不仅帮小鱼寻找鱼爹，还把无依无靠的小鱼带至203宿舍暂住。
后文明时代，地球异象频发，名山大川中出现异果，生灵凭借异果发生异变。大学生楚风，在失恋旅行中误入青铜昆仑山中，在地球复苏之际意外觉醒至尊人王血统，开启制霸修行之路！
当青春热血与篮球相遇，京北附中的少年们还将继续向前！
