本作是为了纪念在1996年起开始的《游戏王》系列漫画连载二十周年所推出的动画电影。
奥斯特拉尔岛，位于萨摩亚群岛东南2000公里处。为了揭开这座已被地图抹去名字的岛屿的秘密，田上悠追随已故父亲的足迹，踏上了一段冒险之旅。在父亲的朋友威尔博士、妹妹多丽丝以及威尔自称“船长”的朋友的帮助下，悠前往岛屿，却遭到巨型企业“盖尔”和由猞猁夫人领导的“美洲狮帮”的追捕。就在悠和他的伙伴们终于抵达岛屿时，他们突然遭到一只神秘怪物的袭击。正当他们看似绝望之际，一个巨大的蓝色机器人出现，摧毁了怪物，救下了悠。尽管这是悠第一次遇到超越人类理解的存在，但他却感到一种莫名的温暖和熟悉感。
春日部防卫队在“春日部儿童娱乐节”舞蹈比赛中，获得胜利，他们因此得到了前往印度的机会。在尽情享受印度旅游的过程中，小新和阿呆进入了一家神秘的杂货店，在那里发现了一个形状像“鼻子”的背包并买下了它。然而，这个背包隐藏着一个非常可怕的秘密。
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新历 0001 年，神明降临入侵，人类文明 15 年后走向灭亡。大夏守护神林凡，竟意外重回神明降临前三月。这一次，他要率领大夏举国抗神！海洋之神、天空之神、凛冬之神…… 皆将在大夏的钢铁长城、巨炮、熔炉前颤抖，看凡人如何逆袭斩神明！
