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香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
二十世纪四十年代，成都。大学生郑笑南是个血性青年，目睹无辜民众死于日机轰炸、在大学共产党员同学的影响下，弃笔从戎、投身疆场。与日军一次恶战中，川军小分队全军覆没，郑笑南被八路军搭救并成为其中一员。在这个大熔炉中，他磨练了意志、坚定了信仰，成长为一名共产党员。解放战争时期，郑笑南肩负党的使命重返川军回到成都，一场斗智斗勇的战斗由此展开。凭借抗日英雄的身份，他策动将领起义、保护进步人士，在紧要关头成功化解了危机，瓦解敌人阴谋，为成都的和平解放贡献出青春热血。黎明到来，解放军入城。郑笑南完成了使命，收获了爱情。
