十万年前，天岚宗叱咤修真界，宗内弟子皆是天骄，所向披靡。唯独开山弟子徐阳一直是炼气期，为突破修为早日飞升，徐阳闭关万年。谁知出关时，修真界已经没落，天岚宗也只剩三五弟子，眼见就要灭宗，徐阳击退强敌，誓要带领天岚宗重回巅峰！
在广袤无垠的蛮荒仙界，修仙文化盛行，凡人皆以成为修士为荣。大学生陆航之从现代穿越而来，成为紫云镇上的一介凡人小厮，每天过着如履薄冰的日子，但他不肯认命，一直努力上进，想要摆脱现状，力争上游。后来，因为一次善举，他得到朱府大小姐朱抚琴和其师兄冷无涯的赏识，被招入朱府接受考验，若能通过，就可获得拜入玄心宗成为修士的机会。陆航之把握时机努力做事，认真完成朱抚琴交代的所有任务。在此期间，他偶得意外机缘，凭借五百年份的灵果，提升资质，备受朱抚琴重视。朱抚琴觉得引陆航之入玄心宗能为自己增加助力，便给予多番援手，助其快速成长。陆航之也不负所望，通过不屑努力，最终通过考验，成为玄心宗外门弟子。然而，这仅仅是一个开始，陆航之的志向远不止于此，他想要更进一步，只有晋升至内门弟子，才能获得更多资源，确保拥有足够实力站稳脚跟。
这个星球被DS（达摩克里斯）科技军队占领，强AI（人工智能系统）是这个军队的首领。反抗AI和DS的鹰隼部队，对疯狗镇（DS试验场）进行肃清。原为疯狗镇电工却拥有既视感（短暂预测未来）的马三、神秘女子洛凝和改造人翎以及黑客小海一同反抗并逃亡。疯狗镇的主人（“神父”莫比）乘火箭逃离殖民星球，疯狗镇的众人即将被火箭烈焰活活烧死，马三为救众人连接了AI天眼卫星，成功阻止神父并和众人逃出了疯狗镇，这一举动暗示马三可能来自DS，马三也开始对既视感的来源产生怀疑？ 众人来到被一群末世难民占领的废弃驿站，这里的首领封子昂认出马三，称呼他为长官，随即自愿帮助马三找回记忆，但殊不知，这只是一场阴谋的前奏……
罗征原本是罗家的少家主，家族内乱，父亲被害，迷茫之际，意外获得一门炼体神功“太上炼器法”，将自己炼成了一件兵器，此后，竟然依靠“挨打”逆袭改命，从一个小小的家奴一步步成长为万众瞩目的绝世天才。然而，就在他最辉煌之时，却忽然发现自己的人生就像一个剧本，每一步都似乎被某种神秘力量精心安排好了一样……他能否看破自己的命运之谜？书写属于自己的成神之路呢？
家破人亡的落魄公主李长歌踏上复仇之路。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
