在极端少子化的近未来，有一间以保护为数不多的孩童为名，强迫所有学生住校的学园。某一天，校内发生了一位名叫小野的女学生莫名失踪，校方却草率断定女学生已死的事件。小野的好朋友．冬村四织对此感到疑惑，便决定自行展开调查。但她做的第一件事却是找同班同学．三田一重的麻烦。只因她知道三田一重其实就是传说中的圣诞老人！
全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。在文明遭到毁灭的石头世界里，千空集结新伙伴的力量一起建立“科学王国”，最终目标是用科学的力量复原整个世界。但是，由灵长类最强的高中生狮子王司领导的“武装帝国”却步步为营。旨在净化人类的司试图通过使用强大的力量来阻止科学的发展。科学 vs 武力的战斗经过激战，千空等人的科学王国占优势，之后两国终于和解。由于同伴的谋反而处于冷休眠状态的司为了复活全人类，科学王国以石化光线的发生源、地球的背面·新世界作为目标！冲出世界解开石化之谜！石头世界大航海时代终于开幕——‼
最强2人，回不去的青春。2017年12月，乙骨忧太解除了祈本里香的诅咒。追溯到2006年（春天），高专时代的五条悟与夏油杰。作为咒术师活跃着，所向披靡的2人，接受来自咒术界拥有不死术式的要·天元的委托。委托有两个，天元的的适合者——被选中成为“星浆体”的天内理子，对那个少女的“护卫”和“抹去”两人为了维持咒术界而进行护卫任务，在那里自称伏黑的“术师杀手”以暗杀“星浆体”为目标介入。在之后被称为最强的咒术师和最恶的咒术师，五条与夏油，两人的过去被揭开…
