《萌鸡小队第五季》全新加入了小萌鸡、美佳妈妈和动物朋友之间由音乐产生的美妙故事。萌鸡小队载歌载舞地解决成长中遇到的困难，在过程中小萌鸡们慢慢长大，一路探索有趣且想象力的世界。
陈锋意外获得现世与末世废土双向穿越的能力，没有选择独行倒卖，而是带着丧尸样本与基因药剂主动向国家坦白，并当众展示穿越能力，将整个末日世界“上交”国家。国家迅速成立“火种计划”指挥部，开启跨世界战略布局。陈锋带领现代化特种部队重返废土，以精准步枪、装甲战车、远程火箭炮对丧尸潮、废土军阀与变异暴君实施降维打击。同时，末世黑科技反向赋能现世，推动科技跨越式发展，也引来敌对大国的觊觎与围堵。故事围绕国家机器碾压末日怪物、双线崛起展开，展现跨世界争霸与文明升级的宏大征程。
某天，城市的半空中突然出现了一道巨大的裂缝，随之而来的是机械怪兽袭击城市。想要成为英雄的热血少年乐天翔也在这次袭击中意外的与爆速机甲翎空成为搭档，并在二人共同努力下击败了敌人。此后，机械怪兽接二连三的袭击城市，乐天翔和翎空在与敌人对抗的过程中也相继与憨厚暖男石大刚、人小鬼大的司小速以及帅气优雅的端木海和他们的搭档们结识、成为队友。并且，大家也发现了这些袭击者的一些关联性，他们背后似乎有个更强大的操控者！就在众人准备展开深入调查时，乐天翔的班级来了一个神秘的同样拥有爆速机甲搭档的转校生方隼。自从方隼加入队伍后，敌方的机械怪兽似乎总能冲着大家的弱点来展开攻击，使得主角们好几次陷入决定。经过一番调查后才发现，方隼竟然是反派安插在众人身边的卧底！众人查出真相，替方隼解开心结，也从方隼处得知，反派背后的主谋——雷域天魔正在恢复自己的力量，并想要获得散落黑化核芯碎片复仇人类的目的！为了阻止雷域天魔的阴谋，众人在父亲们和爆速机甲师傅们的帮助下，兵分两路，踏上了收集黑化核芯碎片之旅。
