小新今年5岁了，不要以为他是那种懵懂无知的小孩，他其实人小鬼大，喜欢漂亮的姐姐，收养了一条棉花糖一样的流浪狗——小白，还经常讲些无厘头的黄色笑话。小新的妈妈美伢是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸野原亦经常被这两母子搞得晕头转向。
1996年，人类的探索之旅延伸至地球之外的火星，但美苏冷战的战火也蔓延到了火星。同年10月3日，一群被选入联合国赞助的宇宙文化社（太空体验班）的青少年抵达火星，却突然遭到名为SPT的神秘移动武器的袭击。驾驶着蓝色SPT的少年阿尔巴特罗斯·纳尔·阿格·阿苏卡挺身而出，将他们从困境中解救出来。他透露，地球正遭受格拉多斯星球的威胁，而他自己则是半地球人半格拉多斯人的混血儿。宇宙文化社的青少年们起初对阿格抱有怀疑，但在战斗中，他们的友谊逐渐加深。为了共同返回地球，他们逃离了火星，踏上了艰辛的旅程。
故事发生在椚丘中学三年E班，表面上，这是一个普通的班级，然而实际上，这里聚集着的均是技艺高超冷酷无情的杀手。每一年，他们通过特殊渠道接收着来自世界各地的暗杀任务，替各国首脑“排忧解难”，而这一次，他们有了一个统一的目标——刺杀班主任杀老师（福山润 配音）。 杀老师是一个神奇的存在，它的外表并非人类，却有着及其敏感的神经和及其迅速的反应力，没有人知道它从哪里来，也没有人知道，它为何会变成三年E班的班主任。因为想要毁灭地球，杀老师成为了暗杀名单上的高价悬赏人物，而作为三年E班的学生，只要成功消灭杀老师，即可毕业。就这样，围绕着这位神秘的老师，充满了危险的日常就此展开。
魔术师与英灵为夺取能如愿所偿的愿望机“圣杯”而展开圣杯战争。日本的第五次圣杯战争结束后的几年，在美国西部的城市雪原市被观测到有新的圣杯战争预兆，集结的魔术师与英灵……缺失的职阶，无法被选中的英灵，暗中涌动的国家，为战斗造起来的城市。
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