小兰的朋友原子家铃木财团准备展出他们家珍藏的沙皇尼古拉二世家的宝物——回忆之卵，回忆之卵里收藏了沙皇尼古拉二世一家的珍贵照片，由此特别珍贵。岂料在展出之前，却收到了怪盗基德的通知函，上面用迷语的方式列明他盗宝的时间。原子找到小兰的爸爸名侦探毛利小五郎帮忙，当然，真正的幕后高手柯南也会和小兰一起前来。柯南遇到了同为侦探的服部平次，两人决定一起联手解开怪盗基德之谜！
黒い森の奥深く、 毒キノコのお家にひっそりと、 ルーナという一人の魔女が住んでいました。 彼女が触れたり歩いたりしたところには毒キノコが生えることが多く、 吐く息や皮膚には毒が混じっています。 街の人達は彼女を“シャンピニオンの魔女”と呼びました。 黒魔女として恐れられている彼女に、近づく者は誰一人いません。 ルーナは今日も薬を売るために街へと向かいます。 彼女の薬は万能薬として大人気で、 手にした人はみな口をそろえて感謝の言葉を述べます。 しかし、みな誰が薬を作っているか知りません。 それでもルーナは、今日も薬を作り続けます。 そんなある日のこと。 人の温もりを知らない孤独なルーナに、夢のような出会いが訪れて……。 恋と冒険と感動の魔法ファンタジーが、いま幕を開ける！ ──これは、心優しい黒魔女?ルーナとそれを取り巻く人々の、 それぞれの愛の物語。...
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为求仙药线索，一行人抵达统治岛屿的怪物"天仙"之居城。欲从岛屿生还，死囚与处刑人已不得不携手合作。与此同时，幕府以"山田浅卫门殊现"为首，下令增派人员登陆神仙乡。其中竟可见与画眉丸素有渊源的石隐众之身影。正当画眉丸等人欲尽快寻得仙药逃离孤岛之际，天仙们却拦住了他们的去路——围绕仙药的争夺，即将迎来"人类"与"天仙"的全面对决——！！
