1996年，人类的探索之旅延伸至地球之外的火星，但美苏冷战的战火也蔓延到了火星。同年10月3日，一群被选入联合国赞助的宇宙文化社（太空体验班）的青少年抵达火星，却突然遭到名为SPT的神秘移动武器的袭击。驾驶着蓝色SPT的少年阿尔巴特罗斯·纳尔·阿格·阿苏卡挺身而出，将他们从困境中解救出来。他透露，地球正遭受格拉多斯星球的威胁，而他自己则是半地球人半格拉多斯人的混血儿。宇宙文化社的青少年们起初对阿格抱有怀疑，但在战斗中，他们的友谊逐渐加深。为了共同返回地球，他们逃离了火星，踏上了艰辛的旅程。
官方宣布第二季
内心情感难以自控的黑沼爽子勇敢地向风早翔太表白了自己的感情，而风早也以真诚的表白回应了她。二人开始恋爱关系，从第一次约会到学生恋爱的日常生活，在年轻爱情的喜悦和尴尬中航行。在最初的尴尬中，他们的爱情故事逐渐展开，同时他们与朋友们的关系也蓬勃发展。这个关于爱情和友谊的苦乐参半的故事探索了青少年情感的复杂性，每个角色都学会了理解自己对爱情的独特感受。
与目前正在播出的TV动画版「暗杀教室 第二期」联动的「暗杀教室 第二期 课外授课篇」将于3月11日起在dTV独占配信。这次动画化的是在TV版中并没有出现的「竹林的一课」和「支配者的一课 第2节课」等。「课外授课篇」共4话，一话约5分钟 ，后追加4话，共计8话。
