随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
在東京出現了一些可以實現人類願望，甚至復製人類思想的神殿石柱。据說這些石柱，本來已一萬多年沉沒於海底，今次再現，原來又是外星人策動的計劃。他們把人類的思想複製到石柱去，然後再把思想轉為訊號，利用這些訊號操控機械巨獸，於是地球的 存亡與否，便決定於人類本身思想的好與壞了。一位少女不滿父親無惡不作的所為，於是向石柱許願，把父親邪惡的思想吸掉，結果，喚醒了巨獸邪惡的慾念 ，在地球到處破壞……七星俠為了拯救人類，又要和外星人周旋到底了。
对于班级里的同学来说，橘梅（茅野爱衣 配音）是个怪人，个性阴沉不说，独来独往的作风也让人无法忍受。而对于橘梅来说，曾经被背叛的经历让她对每一个接近自己身边的人充满着防御和戒备。这样的高中生活，可能就要在嘲笑和欺负中惨淡度过了。一次意外中，橘梅居然踢伤了在学校有超高人气的帅哥黑泽大和（樱井孝宏 配音），令本以为要挨揍的橘梅意外的是，黑泽居然笑着提出了成为朋友的请求。
