20XX年，飞鹰纲木以兽人特训生的身份来到朝香麻理的班级，生活在一个兽人与人类共存的小镇。麻理初次遇到兽人，对这个存在感到困惑，但随着与他同班相处的时间逐渐增加，她开始注意到善良纯洁的纲木的魅力。
与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
遥远未来，世界人口数在迎来巅峰后，开始呈现下降的趋势。人类为了让物种繁荣存续，制作出管理生态系的AI，并执行「人类多样化实验」。常人、兽人、魔族等经过遗传因子改造诞生的「多样人种」，在环绕高壁的生活圈之中，打造出被称作「CLUSTA」的「多样城镇」。有着丰富人口的「CLUSTA」，在各地都有不同的文化发展以及适合在地生活的人类居住。
