《男子高中生的日常》以真田北男校为舞台，围绕着主角忠邦（入野自由 配音），以及他的死党秀则（杉田智和 配音）和吉竹（铃村健一 配音）的日常高中生活而展开。忠邦主要担任吐槽的角色，长相中性的他常常被秀则和吉竹联合欺负。登场人物还有同校学生会的元治、唐泽、副会长和会长等人，这是一群基本上没有女朋友的男校学生，在鲜有女生参与的情况下，展开了插科打诨的日常高中生活。
白巳津川市。 学園都市であること以外になんの特色もない街。 観光客を呼び込もうと町興しに励んでいるが、どれも不発。 しかし、思わぬ形で世間の注目を集めることになった。 ぶっきらぼうな態度をとりがちだが責任感が強く行動力のある頼れる青年。新海翔。 普通の学生らしい平穏な生活を送っていたが、白蛇九十九神社の神器が破損したことをきっかけに、翔の?常に変化が訪れる。 その影には、異能に目覚めた少年少女たちの姿があった。 なんの特色も無い街に住む、なんの変哲もない平凡な学生のはずだったが。 異能者たちが巻き起こす数奇な運命に巻き込まれて……。
