在播磨，武藏一行遇见了上杉龙臣统领的大型武士团——上杉武士团。他们的目的是讨伐盘踞在淡路岛的巨大鬼神“炮战龙八岐大蛇”。在那里，还有武田尚虎率领的武田武士团，与武藏同龄的武士岛津秋弘、尼子胜巳，以及稍显不通世俗的腼腆公主猿渡满等人。在各种想法翻涌的涡旋之中，武藏一行也加入了灭鬼的战斗。而他们要挑战的八岐大蛇，则是号称“从未被人伤及分毫”、铜墙铁壁般的鬼神。武藏和同伴们将要面对的，是一场前所未有的激战。
在远离大都会的乡下，有一个名叫“企鹅村”的小村庄，这里住着一个名叫则卷千兵卫的天才博士。他发明了各种各样奇怪的道具，而女孩子机器人阿拉蕾正是他的诸多作品之一。阿拉蕾力大无比，聪明非常，不过却只有幼儿园小朋友的心智，所以她爱笑爱闹，更喜欢用树枝戳大便。不久，博士和阿拉蕾乘时光机从远古带回来一只恐龙蛋，从中孵化出外形如婴儿确实超级大胃王的阿卡。阿卡和阿拉蕾成天搅得博士手忙脚乱。当然，企鹅村远不止则卷家的这几个活宝，吃草莓的超人、屁股和鼻子都长在头顶的尼可家大王、牛奶糖4号等，这群怪人让企鹅村每一天的生活都充满了乐趣……
打开通往异世界的大门后，天上优夜获得超强能力，脱胎换骨变成完美无缺的少年。在两个世界往返的他，「无自觉的外挂能力」愈来愈强大──!?在异世界的洞窟里，他找到一本『贤者之书』，因此继承了传说贤者的超魔术。最强的体能再加上高强的魔术，他在异世界的进化简直没有极限...现实世界当中，王星学园展开了校外教学！优夜活跃的表现陆续迷倒同年级的少女们，但是各方面都是顶尖水准的他不以为意，继续走自己的路！少年升级的脚步停不下来，全世界人类都将为他震惊──!!
世界顶级葡萄酒评论家神咲丰多香去世以后，留下了价值20亿日圆的丰厚遗产和一封遗书。在遗书中他宣布，只有以“盲饮”方式猜中他指定的十二瓶顶级葡萄酒（“十二使徒”）以及第十三瓶梦幻之酒（“神之雫”）的酒名和年份，并且将这些葡萄酒的内涵表现出来的人，才能继承遗产。
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故事进入新阶段——在《POP IN 2》发行六个月后。在MEMcho的努力下，B Komachi即将迎来事业的突破。Aqua是一位多才多艺的女性，Akane也正稳步朝着成为一名优秀演员的目标迈进。与此同时，Kana失去了往日的开朗。而Ruby为了追查Ai和Goro死亡的真相，在娱乐圈崭露头角——她以谎言为武器。
在宝岛的激战结束后，千空等人平安回到了科学王国。他们用得到的石化装置，成功复活了陷入冷冻睡眠的司，司成为了科学王国的同伴！ 而在确定将人类石化的幕后黑手“怀曼”就在月球的千空等人，准备奔向月球！在这个石纪元，提出了从零制造宇宙飞船的宏伟工程。为了从全世界收集飞船的材料，千空等人迅速乘上珀耳修斯号驶向大海。要制造复活液，他们需要大量的玉米，于是第一个目的地就被设为了美洲大陆。而在结束了考验勇气、团结以及科学力量的大航海后，等待着的，是能动摇他们的威胁—— 千空等人的冒险，终于开始迈向世界，甚至迈向太空。为了拯救人类的未来，千空和同伴们一起，全力开拓科学的道路！
