进入21世纪，世界各地灾难频发，更有各种空想怪物惊现世间，引出无数的灾难，而人类文明也面临覆灭的危险。在这个关键时刻，DASH小组的热血青年男女站在人类的最前端，以他们微弱的力量包围着地球。充满正义感的青年东马快斗（青山草太 饰）志愿加入DASH，可是却未能通过相关测验。某天，两只怪兽现身日本，并相互缠斗。危难当前，地球人得到来自M798星云的正义使者麦克斯奥特曼的帮助。新世纪的正义与邪恶的战争由此拉开序幕……
故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天，一名外星人意外从宇宙坠落，他手持有着象征身份的红色宇宙回旋镖“奥美迦头镖”，并有着“究极”的称号。 失去过往记忆的外星人 “奥美迦” 化身为地球人模样，被人称为“宙人”。初到地球的宙人，对人类充满好奇，积极主动地接触和了解这些陌生的生命体。 当神秘巨型生物接连出现时，尘封的记忆碎片被唤醒，宙人认出这些生物正是记忆中的 “怪兽”。面对怪兽的威胁，强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼，与怪兽展开战斗。 与此同时，地球上的人类对突然现身的巨型生物，以及手持红色头镖与之战斗的巨人充满疑惑。为探寻真相，人类开始从各个角度观察这位神秘巨人。随着故事推进，来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。作品将通过他们之间的羁绊与经历，深度探索 “奥特曼为何要守护地球” 这一问题的答案。 现在正是觉醒之时。
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随着恶魔觉醒，人类世界陷入混乱。性格温柔的男孩与恶魔合体，在神秘好友飞鸟了的指引下，卷入一场残酷、堕落的对抗邪恶之战。
木之幡米拉（高柳知叶 配音）曾经和一个男孩许下了“寻找小行星”的约定，随着时间的而流失，虽然米拉和这个男孩早已经没有了任何的联系，但这个约定却依然被铭记在米拉的心间。为了完成约定，升上高中的米拉加入了学校的天文社，哪知道为了节省社团经费，天文社竟然于今年同地质社合并，变成了地学社。个性老实，沉默寡言，甚至有些害羞的真中苍（山口爱 配音）、虽然身为学姐，但却异常柔弱的猪濑舞（指出球亚 配音）、常常因为过于认真的性格而被别人误以为在生气的樱井美景（东山奈央 配音）、性格大大咧咧，总是活在自己的世界里的森野真理（上坂堇 配音），对于天空的热爱将这些个性迥异的女孩联结到了一起。
位于北海道的大虾夷农业高等学校（通称：虾夷农高）是一所寄宿制农业高中，学生多是以从事农业作为目标的农家子弟。新学年伊始，虾夷农高迎来了一位与众不同的学生——八轩勇吾（木村良平 配音），他从城市来到乡下，通过正常的入学考试考入农高，现就读于乳畜系一年级。他身边的同学都有着继承家业、成为兽医之类的理想，他却找不到明确的人生目标，这让他感到焦躁不安。本以为自己成绩优异，可以在考试中拔得头筹，他却发现农高的课程与普通的升学高中大大不同。此外，农高的社团均是体育系，在御影秋（三宅麻理惠 配音）的鼓励下，文弱的八轩选择了马术部。在这所拥有全日本高校最大占地面积、被壮丽的自然风光和乡村风情环抱的虾夷农高里，八轩的青春生活开始了！本动画改编自荒川弘的同名人气漫画。
经过一番艰苦鏖战，救世主战部渡（瓦塔诺）终于和伙伴们打败了多古达及其暗黑军团，创界山（左开山）再次回复原本的秀美景色。在此之后，渡回到人类世界，和朋友们过着快乐的生活。然而好景不长，多古达的弟弟多坏达入侵与创界山息息相关的南斗七星星界山，七色彩虹失去色彩，黑暗重新笼罩大地。在这危急时刻，创界山的人民重新找回渡，请求他打败多坏达军团。渡从圣龙殿女王那里得到许多有用的道具，随后和龙神丸、忍部火美子（希米格）飞往星界山，与先行前往的剑部施巴拉古大师和古拿玛会合。激烈的正邪大战再一次拉开序幕……本片为《魔神英雄传》系列第二部。
