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因家逢变故而不得不中断学业的医学院学生顾初在经历了几年社会历练之后重返校园，想要完成学业和自己最初的梦想。毕业实习期间，她遇到了身为法医中心主检法医师的陆北辰，而陆北辰的另一个身份是顾初已逝男友陆北深的双胞胎哥哥。顾初带着复杂的情绪努力和陆北辰和平相处，而陆北辰却耿耿于怀于弟弟的死对顾初心怀偏见。两人在一起侦破一个又一个案件的同时逐渐放下心结，就在两人以为可以重新开始的时候，兄弟亲情和两个家庭的矛盾却横亘在两人面前。最终，正义战胜邪恶，爱感化一切，真相让凶手无处遁形，两个人的爱情也修成正果。
那是很久以前的事了。那个时候，还没有冥界，天柱连接着天和大地，天空不像现在的天空，那时候的天，悬在云端里。在后世的记载中，它还有一个名字，叫做“昆仑”。人类，是神创造的，世间一切，都是神的子民。昆仑山的天女来到了人间。天女，是神的使者。然而在人类中，出现了一种疾病，那是一种令人丧失心智的疾病，那就是，爱。因为爱，人类与天神之间，发动了第一场战争。能够与灵魂相通的夏冬青，与灵魂摆渡人赵吏和九天天女娅相识于444号便利店，一年后，他们又在海边重逢。阴差阳错下，夏冬青成为了赵吏的契人，注定要帮他送走九九八十一个灵魂。娅染上了人类古老的疾病，爱上了夏冬青，而这却与天界交给她的使命背道而驰。作为摆渡灵魂的鬼差，赵吏仿佛无所不能，但他最大的痛苦便是没有一个属于自己的灵魂，无法像夏冬青那样感受喜怒哀乐。新年前夕，他们遇到了古老的神兽，年和夕；荒山野村里，却矗立着一座神秘的迷宫，传说迷宫中封锁着织女的灵魂；又一年的海浪扑上沙滩，随着海雾一起爬上岸的，竟还有失踪多年的女子。
位于极地的北极生物系统研究基地爆发神秘病毒，造成三人感染、两人死亡的惨剧。为了查明病毒的成因，防止其他一百多名来自各国的科学家遇险，美国疾病防疫控制中心在军方的要求下，派出了艾伦·法拉格特（比利·坎贝尔 Billy Campbell 饰）、茱莉亚·沃克（凯拉·扎戈斯基 Kyra Zagorsky 饰）、莎拉·乔丹（乔丹·海耶斯 Jordan Hayes 饰）与多琳·博伊尔（凯瑟琳·勒米厄 Catherine Lemieux 饰）等四名精英飞往北极。三人中的幸存者彼得（尼尔·纳皮尔 Neil Napier 饰）是艾伦的哥哥，当年因一桩荒唐事导致弟弟和妻子茱莉亚离婚。一行人虽然受到畑博士（真田广之 饰）的热情接待，但基地内似乎隐藏着不可告人的秘密。
2016 年 6 月 27 日，Freeform 续订该剧第六季。
TNT在推特发布正式确定《The Last Ship》第二季将于2015年6月21日 星期日在TNT回归《末日孤舰》第二季将有13集，比第一季多了三集
