据IGN报道，《尼尔：自动人形 Ver1.1a》已决定制作第二季，并公布了第二季预告。西历5012年。突然入侵地球的外星人与其制造的机械生物导致人类面临灭亡危机。仅存的人类逃至月球，为了夺回地球，利用人造人士兵展开反攻作战。 然而无限增加的机械生物阻挡在前，战争陷入胶著状态。 作为最终兵器，人类派遣新型人造人「寄叶」部队至地球。刚被派往地球的「2B」与先行调查员「9S」会合，一同执行任务，却在途中遇见许多神秘难解的现象……
被召唤到异世界的相马一也，继承了艾尔孚利登王国的王位。他镇压了三公大臣的叛乱，重建了王国的政治和财政，击退了阿米多尼亚公国入侵。 现在，他面临着新的问题。失去了阿米多尼亚首都拜恩的皇太子尤里悟斯，向“人类宣言”的倡导者大凯欧斯帝国寻求帮助，旨在恢复他的权利。大凯欧斯帝国玛莉亚女皇的妹妹贞德·尤弗利亚代表帝国帮助阿米多尼亚进行谈判。 不仅仅是艾尔孚利登和阿米多尼亚，事情的走向即将影响整个大陆的命运。
