藤原拓海由于不败的战绩，必然会受到新的挑战。《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了赛车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。
伏魔三劍俠打敗了基比爾，阻止了惡魔族侵略地面。但由於大魔王加爾巴的詛咒，令三人永遠被封閉於一個膠囊之中。其後出現了更凶惡的妖怪軍團，飽受妖怪バックベアード困擾的主角月村圭接受了妖怪研究專家大馬博士（ダイマ博士）的七星壇儀式，使全宇宙最明亮光耀的破軍星降臨到地上，而破軍星當中就包含著三劍俠的魂魄。月村圭承繼了佐比丹的魂魄，成為了超越神的戰士超神Bibyun（超神ビビューン），而他的同學菅一郎及渡部剛，亦分別承繼了伊比路及加貝拉的魂魄，成為了超神Basharn（超神バシャーン）及超神Zshen（超神ズシーン）三位超神為了大地的和平及正義，決心與由大魔王加爾巴控制的妖怪軍團對抗到底。
大空遥（优木加奈 配音）是一个个性活泼开朗的女生，却因为自己个子太高走在人群中过于扎眼而时常感到缺乏自信。原本居住生活在东京的她来到了临近大海阳光灿烂的冲绳，进入那里的高中就读，在冲绳，遥和表妹比嘉比方（宫下早纪 配音）重逢了。在比方的影响下，遥开始接触沙滩排球，令遥感到自卑的身高，在这项运动里却成为了她的优势。个性大大咧咧不拘小节的红爱（种崎敦美 配音）、凡事都十分认真一板一眼的惠美理（末柄里恵 配音），通过这项运动，遥结识了一帮志同道合的好友们，在金黄的沙滩上和蔚蓝的大海边，女孩子们尽情的挥洒着她们的汗水。
有 230 万人口，其中八成人口为学生的「学园都市」，是比其他地区科技更为先进，并从事「超能力开发」的特殊地区。而整座学园都市中仅有七人的等级 5 超能力者之一御坂美琴，由于她的能力与个性使然，因而被卷入了学园都市中所发生的种种事件……
飞弹伤无（赤羽根健治 配音）表面看来是一个非常平凡的男孩子，在姐姐飞弹怜悧（衣川里佳 配音）的安排下，他进入了战略防卫学园阿塔拉克西亚学习，这里生活的女孩们都拥有着各自的魔导装甲，希望能够通过学习如何操纵它们来成为一名合格的战士。实际上，飞弹伤无拥有着一项特殊能力，那就是通过触摸女孩们的身体来增加她们的装甲的威力。外冷内热嘴硬心软的千鸟渊爱音（影山灯 配音）、热情奔放身材傲人的优莉西亚（赤崎千夏 配音）、风纪委员姬川映流（长妻树里 配音），在学园里，飞弹伤无很快就交到了朋友。
橘晶（渡部纱弓 配音）拥有着一副冷淡的外表，内心里却是和外表极不相称的天真和单纯。橘曾经是学校田径队的种子选手，却因为种种意外而选择了退出。之后，橘来到了名为“GARDEN”的家庭餐馆打工，餐馆的老板是一个名叫近藤正己（平田广明 配音）的男人，他离过一次婚并且有一个孩子。
故事描述在学生们不停决斗以决定阶级的学园岛上，男主角筱原绯吕斗于学园岛入学测验以历代最佳成绩脱颖而出，又于转学首日，击败去年的绝对王者「彩园寺更纱」。以学园岛史上最快的速度夺得了君临顶点的「7星」……这一切当然全是一场骗局。能将内心想法完全隐藏的筱原绯吕斗，为了在学园岛达成自身目的，不惜撒谎也得继续君临顶峰。无论是从旁辅佐的美少女女仆姬路的作弊手段，或是与假冒大小姐的彩园寺所建立的共犯关系，之后的校园生活都会用「谎言」在世间生存下去。
“超级索尼子”作为 Nitroplus 的现场吉祥物女孩首次亮相。 故事将被改编成一部名为“SoniAni -SUPER SONICO THE ANIMATION-”的动画，同时保留她的角色和世界观！
