自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。
广濑夏子高中毕业后成为了一名原画师， 迅速展现出自己的才华，并很快以导演身份出道。 首次导演的作品成了社会现象般的大作，广受好评。 夏子被评价为新锐天才导演， 并决定下一部作品是以初恋为主题的剧场恋爱喜剧。 然而，从未体验过恋爱的夏子对初恋毫无概念， 因而无法创作分镜，电影制作也陷入僵局。 某天在绘制分镜时，夏子突然失去了意识，当她醒来时， 发现自己已经身处于小时候沉迷的动画电影《灭亡物语》的世界之中。
