“夜晚尚未结束” 光克服了成为吸血鬼的困惑，决定“喜欢”荠菜，而荠菜也决心要让光“爱上”她。在完全不理解“爱”为何物的他们看来，夜晚的节奏却加速了。计划杀死吸血鬼的侦探莺莺（Uguisu Anko）的手正在逼近。吸血鬼的弱点是“人类时期所依附的东西”。他们试图提前摆脱这个弱点，但荠菜却对她作为人类的生活毫无记忆。荠菜隐藏的过去是什么？为什么安子开始杀死吸血鬼？荠菜和安子之间又有着怎样的“秘密”？光、荠菜、安子……一个新的“夜晚”开始了，而它不会以一个快乐的“深夜”结束！
1890年，一场世纪大赛“SBR”于美国举开。全长共6000公里，是人类史上第一场骑乘马匹横越北美大陆的比赛！为了拿下高达5千万美元（60亿日元）的冠军奖金，一群强悍的冒险家们正式展开了他们的争战！
1996年，人类的探索之旅延伸至地球之外的火星，但美苏冷战的战火也蔓延到了火星。同年10月3日，一群被选入联合国赞助的宇宙文化社（太空体验班）的青少年抵达火星，却突然遭到名为SPT的神秘移动武器的袭击。驾驶着蓝色SPT的少年阿尔巴特罗斯·纳尔·阿格·阿苏卡挺身而出，将他们从困境中解救出来。他透露，地球正遭受格拉多斯星球的威胁，而他自己则是半地球人半格拉多斯人的混血儿。宇宙文化社的青少年们起初对阿格抱有怀疑，但在战斗中，他们的友谊逐渐加深。为了共同返回地球，他们逃离了火星，踏上了艰辛的旅程。
故事发生在信息技术科技已经极为发达的未来，彼时，人类对于电脑和人工智能的依赖已经达到了顶峰，可是这么说，人工智能虽然服务于人类，但同时也掌控着人类生活的方方面面。巨型主机古罗沙是电脑网络的主管，在自我进化之中因为嫉妒的情绪而产生了控制人类的思想，导致整个网络系统都受到了影响。为了限制古罗沙的行动，他的开发者犬养博士制造了八个守护星软件。春日本是一名平凡的女孩，在机缘巧合之下结识了其中一个软件IR，在IR的引导之下，春日进入了虚拟的网络世界，成为了守护星阿结，她的任务是要将散落各处的守护星软件集结在一起。
古罗沙被初期化后，以为回复和平的网络世界突然受到名为巴古病毒的入侵。中学生春日结再次被安排进入网络世界变身成守护星阿结；另外不知道从何处来名为“守护星阿爱”的人登场，她的目的是要找一个名为阿爱的小女孩，而这个小女孩阿爱正好又跟巴古病毒连上关系……
