自从上一集牛仔伍迪救回巴斯光年之后，他一直和其他玩具一起快乐的生活在小主人家。一次，小主人参加夏令营去了，伍迪因为破旧而没被带去。留在家里的伍迪恰巧被一个玩具收藏家发现了，认为他是近代最具代表性的玩具。于是将伍迪被偷了出来放在颇富盛名的文化博物馆内展览。在家里所有的玩具 都很担心伍迪，因此巴斯光年自告奋勇去寻找伍迪，但是当他们发现伍迪在展览馆时， 伍迪却似乎不再愿意回去过那平凡的生活……
白巳津川市。 学園都市であること以外になんの特色もない街。 観光客を呼び込もうと町興しに励んでいるが、どれも不発。 しかし、思わぬ形で世間の注目を集めることになった。 ぶっきらぼうな態度をとりがちだが責任感が強く行動力のある頼れる青年。新海翔。 普通の学生らしい平穏な生活を送っていたが、白蛇九十九神社の神器が破損したことをきっかけに、翔の?常に変化が訪れる。 その影には、異能に目覚めた少年少女たちの姿があった。 なんの特色も無い街に住む、なんの変哲もない平凡な学生のはずだったが。 異能者たちが巻き起こす数奇な運命に巻き込まれて……。
