少女们投身战斗 为了重要的同伴！一直在相互争斗、来自5个异世界的来访者「Z/X」缔结了休战条约，人类因此回避了灭亡的危机。主人公·各务原安昙接受青之世界的命令，与成为其搭档的Z/X·利盖尔一同前往新设的女子学校「富士御崎学园」。在这所学园中，她们究竟会遭逢怎样的「命运」？
一応中学的学生一堂零、冷越豪、出瀬潔、大间仁、物星大等五人，因在中学留级等原因，各自都拥有丰富个性且行为古怪的性格，被周围人视为名物团体“奇面组”而备受关注。转校生河川唯与同学宇留千绘一同目睹了“奇面组”的行踪，对他们产生了兴趣，开始与他们一起行动。此外，一応中学还聚集了多个个性鲜明的团体，如由切出翔带领、受女生欢迎的“色男组”，由似蛭田妖领导的不良团体“番组”，由云童块领导的擅长体育的“腕组”，以及由天野邪子领导的滑冰团体“御女组”等。从相遇到时光飞逝，他们迎来了新的春天——
“我想起来了……”沉睡的记忆与真相即将觉醒。 故事以长野县为舞台，高人气角色“长野三人组”大和敢助、诸伏高明、上原由衣将登场亮相。当毛利小五郎警视厅时期同事“鳄鱼”遭遇意外，与致使大和敢助“独眼”的神秘雪崩案交织，无法兑现的承诺和独眼中的残像就此重叠。雪花飞舞，真相与爱意终将明晰！这一次，毛利小五郎将不再沉睡，与柯南、大和敢助等人携手探案，亲手揭开掩埋于雪山之下的秘密与真相
在与暗之科学王国的战斗之后，千空一行人以让史丹利等人占领珀耳修斯号为代价，成功捕获了杰诺。为了躲避猛烈追击，千空一行人以石化光线发源地南美为目标启程！千空与杰诺决定短暂联手，结合彼此的知识，共同逼近那令人憎恶的「光」的真相！为了拯救人类的未来，千空将与伙伴们携手，全力开拓属于他们的「科学之道」！！
内向的高中男生‧中村在入学典礼一眼爱上同班的广濑，鼓起勇气示好却常常失败。上素描课，广濑当模特儿，中村把握机会使劲地观察使劲地画，然而隔壁女生川村画得更美！于是自称是川村的粉丝，把她画的广濑素描画要走了…有一次中村和广濑一起放学，广濑遇到不良少年，中村挺身相救…在校外教学的时候，两人有了重大进展！？
