《学姐是男孩》续作跃上大银幕，交织着成长痛的青春物语将划下感动终章。
在东京晴空塔底下，世界一流的武术爱好者德川光成设置了一个研究实验室，进行禁忌实验。实验使用最先进的科学技术，目标是用传奇剑豪宫本武藏的遗骸创造出克隆人，让他在现世复活。这位强大战士早已赢得所有想像得到的称号与荣誉：究极武士、剑圣、天下无双。如今，他的重生恐怕将撼动现代日本，甚至全世界都会陷入混乱。准备好见证超越历史的终极大战，刃牙、勇次郎、地下斗技场的高手们，以及所有为战斗而生的人都将卷入其中。
中学一年级的鸿田新某一天与名为库兹马的谜之生物相遇了。它既能说日语又能说俄语，还长得像动物似的。这家伙到底是什么呀！？
古罗沙被初期化后，以为回复和平的网络世界突然受到名为巴古病毒的入侵。中学生春日结再次被安排进入网络世界变身成守护星阿结；另外不知道从何处来名为“守护星阿爱”的人登场，她的目的是要找一个名为阿爱的小女孩，而这个小女孩阿爱正好又跟巴古病毒连上关系……
1996年，人类的探索之旅延伸至地球之外的火星，但美苏冷战的战火也蔓延到了火星。同年10月3日，一群被选入联合国赞助的宇宙文化社（太空体验班）的青少年抵达火星，却突然遭到名为SPT的神秘移动武器的袭击。驾驶着蓝色SPT的少年阿尔巴特罗斯·纳尔·阿格·阿苏卡挺身而出，将他们从困境中解救出来。他透露，地球正遭受格拉多斯星球的威胁，而他自己则是半地球人半格拉多斯人的混血儿。宇宙文化社的青少年们起初对阿格抱有怀疑，但在战斗中，他们的友谊逐渐加深。为了共同返回地球，他们逃离了火星，踏上了艰辛的旅程。
时代背景：人类过快的文明进步使得世界发生了“大变动”。人们为了使地球资源能够更有效地得到利用下去，在环境严酷的土地上建造了“园顶都市”生活在那里；而把环境相对较好的土地让给了动植物。但是，有的人却认为人们即使是生活在自己原本的土地上也是可以的，于是世界各地“返乡运动”的浪潮不断袭来，离开都市、回到自然。。。主人公是一个生活在西伯利亚的园顶都市的少年，盖那(ゲイナー),他在网络虚拟对战游戏 OvermanBattle中的表现出众而得到了"king"的称号。日常生活盖那只是一个很平凡的少年，和死去的双亲一样他也对"返乡主义者"持有怀疑的态度；但是一天他却被突然出现的西伯利亚铁道警察带走拘留了起来，在监狱里盖那遇见了一个名叫盖恩的男子。
在远离大都会的乡下，有一个名叫“企鹅村”的小村庄，这里住着一个名叫则卷千兵卫的天才博士。他发明了各种各样奇怪的道具，而女孩子机器人阿拉蕾正是他的诸多作品之一。阿拉蕾力大无比，聪明非常，不过却只有幼儿园小朋友的心智，所以她爱笑爱闹，更喜欢用树枝戳大便。不久，博士和阿拉蕾乘时光机从远古带回来一只恐龙蛋，从中孵化出外形如婴儿确实超级大胃王的阿卡。阿卡和阿拉蕾成天搅得博士手忙脚乱。当然，企鹅村远不止则卷家的这几个活宝，吃草莓的超人、屁股和鼻子都长在头顶的尼可家大王、牛奶糖4号等，这群怪人让企鹅村每一天的生活都充满了乐趣……
