一场血腥殊死巷战之后，日军投降。百姓欢欣鼓舞。军民庆功宴上，一个懂日语的少年听到日军炸桥消息，却无人相信。我军队长杜康临危受命，从前军统特务万汉源所发密电“宫保鸡丁，过桥米线”中破译出“保桥”信息，与万汉源一同前往大桥设计师何凤祥的住处。 ——每一座大桥都会有一个“心脏”，在这个薄弱环节很容易就能摧毁大桥，但这个心脏的位置只有设计师知道。万汉源告诉杜康，何凤祥不仅是唯一知晓大桥心脏的设计师，还是自己女儿的养父！此行不仅是为了保住大桥图纸不落入敌人手中，更是营救自己的女儿和挚友！可两人迟了一步，日军残忍杀害了何凤祥夫妇，并劫走了小何丽。万汉源由于其危险身份，万般无奈下将女儿的安全托付给了杜康。杜康带领助手常亮劫车救出了小何丽，其英勇行为也在少女的心扉种下了爱情的种子。
何天心容貌清秀可人，个性叛逆，热心助人，活泼可爱，天不怕地不怕。从父亲所留之医书里学到粗浅的耆黄之术，在民间有『小华陀』之称号。为学正统宫廷医术，决心乔装成男医士，进宫习医。好打抱不平的个性让她结识了假太监张哲三和皇帝朱历，三人一同经历了镇南王叛变和汪公公的迫害，每每都凭自己过人的机智和高超的针灸医术度过难关。平时与张哲三打打闹闹，丝毫不查自己对张哲三的爱意，直到张哲三保护自己而遭砍伤，这才让天心发现，两人早在不知不觉间互相爱慕。被知晓女儿身身分后，皇上屡次为自己解危，但心系张哲三的天心，只能将皇上当成好兄弟，因为那独一无二的爱情，已经给了张哲三。但张哲三却因阴错阳差没当上护卫，而转为太监，但没想到执刀从未失手的净身员刘一刀，当天因为天心配错了药，而头昏眼花，竟然一刀落下刺中张哲三的大腿而非命根子。幸亏刘一刀一时失手，但张哲三从此也成了假太监～小三子。在陪同天心回乡替穷苦民众免费诊疗后，渐对这平时古灵精怪的天心改观，甚至产生好感，屡次不顾性命也要守护天心。因镇南王事件戴罪立功，哲三恢复男儿身，成为御前带刀侍卫，因某次救了游湖溺水的水灵公主，令水灵公主芳心暗许。在得知皇上对天心的爱慕之意，自觉身分配不起天心，便将自身感情隐藏心底，却不知这样若即若离的态度，同时牵动着天心和水灵公主。在得知天心为女儿身的身分后，故意加以隐瞒。天心过人的机智和勇气，不但替皇上拢络了宫中人心，也使皇上逐渐为她倾心。当皇上发现张哲三对天心有情时，不顾太后反对，执意要立天心为后，而三人之间的关系渐渐起了微妙的变化……另一方面，汪公公发现皇上与因有天心、张哲三相助，在朝中势力逐渐巩固，因此便与镇南王密谋伪造天文凶象，企图逼皇上退位。羽翼未丰的皇上，能顾全天心、张哲三，并拿回实权吗？
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本剧是根据真实女医的半生改编的原创故事。曾为不良少女的田上湖音波（桥本环奈 饰），在挚友车祸身亡的巨大打击下决定发奋读书，最终成为兼具外科手术与血管内治疗能力的稀有脑神经外科医。她被恩人医生中田启介召至东京医院，却发现院方将利益置于患者之前，组织僵化、规章繁琐。湖音波凭借“原不良”的魄力与医者的信念，在严苛现实中为病患挺身，对旧式医疗体系展开改革。
