奥斯特拉尔岛，位于萨摩亚群岛东南2000公里处。为了揭开这座已被地图抹去名字的岛屿的秘密，田上悠追随已故父亲的足迹，踏上了一段冒险之旅。在父亲的朋友威尔博士、妹妹多丽丝以及威尔自称“船长”的朋友的帮助下，悠前往岛屿，却遭到巨型企业“盖尔”和由猞猁夫人领导的“美洲狮帮”的追捕。就在悠和他的伙伴们终于抵达岛屿时，他们突然遭到一只神秘怪物的袭击。正当他们看似绝望之际，一个巨大的蓝色机器人出现，摧毁了怪物，救下了悠。尽管这是悠第一次遇到超越人类理解的存在，但他却感到一种莫名的温暖和熟悉感。
在东京晴空塔底下，世界一流的武术爱好者德川光成设置了一个研究实验室，进行禁忌实验。实验使用最先进的科学技术，目标是用传奇剑豪宫本武藏的遗骸创造出克隆人，让他在现世复活。这位强大战士早已赢得所有想像得到的称号与荣誉：究极武士、剑圣、天下无双。如今，他的重生恐怕将撼动现代日本，甚至全世界都会陷入混乱。准备好见证超越历史的终极大战，刃牙、勇次郎、地下斗技场的高手们，以及所有为战斗而生的人都将卷入其中。
时代背景：人类过快的文明进步使得世界发生了“大变动”。人们为了使地球资源能够更有效地得到利用下去，在环境严酷的土地上建造了“园顶都市”生活在那里；而把环境相对较好的土地让给了动植物。但是，有的人却认为人们即使是生活在自己原本的土地上也是可以的，于是世界各地“返乡运动”的浪潮不断袭来，离开都市、回到自然。。。主人公是一个生活在西伯利亚的园顶都市的少年，盖那(ゲイナー),他在网络虚拟对战游戏 OvermanBattle中的表现出众而得到了"king"的称号。日常生活盖那只是一个很平凡的少年，和死去的双亲一样他也对"返乡主义者"持有怀疑的态度；但是一天他却被突然出现的西伯利亚铁道警察带走拘留了起来，在监狱里盖那遇见了一个名叫盖恩的男子。
